吉安市中等专业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。中专毕业证书主要证明学生在某一职业技能领域的学习成果，而普通高中毕业证书则证明学生完成了高中阶段的基础教育。两者的教育和目标不同，因此不能简单等同。虽然中专毕业证书在某些职业领域可能有较高的认可度，但在其他方面可能与普通高中毕业证存在差别。因此，答案是不完全等同效力。