赣州现代科技职业学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力有所不同。赣州现代科技职业学校的毕业证书主要证明学生在某一职业技能或专业领域的掌握程度，而普通高中毕业证书则证明学生完成了基础教育的学业。因此，两者的教育和目标不同，其证书效力也不相同。对于就业或升学，两种证书各有优势，具体需根据招聘或录取标准来判断。