赣州电子工业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。赣州电子工业技术学校的毕业证书反映了学生在特定职业技能上的学习和掌握，而普通高中毕业证书则更侧重于基础教育。两者的教育和目的不同，因此并不能简单等同。在就业市场，具体哪个证书更具效力，还需要看招聘单位的具体要求和标准。因此，对于这个问题的回答是：两者并不等同效力。